Prace naukowe sprawdzane są najczęściej przy użyciu specjalnego programu antyplagiatowego. Program taki przeszukuje treść pracy w poszukiwaniu materiałów, które nie są napisane przez samego autora. Jeśli natrafi na pewne części tekstu, które mają wysoki stopień podobieństwa względem innych materiałów, zwiększa się współczynnik plagiatu/podobieństwa. Wtedy praca magisterska może zostać uznana za plagiat.
Jeśli praca magisterska zostanie uznana za plagiat, student może liczyć się z konsekwencjami, najczęściej równającymi się niemożności uzyskania tytułu magistra, a także z wyrzuceniem z uczelni. Trudno jednak o stuprocentową pewność, że praca magisterska jest plagiatem - często podobieństwo dotyczy tylko kilku wyrazów, albo zdania, a to za mało, żeby uznać ją za plagiat.
Ze stuprocentową pewnością można uznać pracę magisterską za plagiat tylko w sytuacji, gdy wiemy, skąd student kopiował treść. Prace magisterskie często zawierają podobne fragmenty, ale te fragmenty najczęściej dotyczą jedynie części teoretycznej pracy, którą i tak student najczęściej przepisuje z podręcznika akademickiego, albo z podobnego źródła wiedzy.
Rzadko zdarza się, że praca magisterska jest całkowicie skopiowana z innej pracy, a nawet że jest skopiowana w pewnej części. Nawet fragmenty innych prac są rzadko znajdowane w pracy studenta - częściej zdarza się, że teoria ze stron internetowych jest praktycznie przepisywana i umieszczana w pracy magisterskiej, a to też nie jest dopuszczalne.